Khi Alvear mãn hạn nhiệm kỳ vào năm 1928, Yrigoyen lại được bầu làm tổng thống với chiến thắng áp đảo. Tháng 12 năm đó, người mới đắc cử tổng thống của Hoa Kỳ là Herbert Hoover đến Argentina trong một hành trình thiện chí, họp với Tổng thống Yrigoyen về các chính sách liên quan đến mậu dịch và thuế quan. Các thành phần vô chính phủ cấp tiến nỗ lực ám sát Hoover bằng cách đặt bom, song những người đặt bom bị bắt giữ trước khi hoàn thành. Tổng thống Yrigoyen tháp tùng Hoover sau đó như một sự đảm bảo cá nhân về an toàn cho đến khi tổng thống sắp nhậm chức của Hoa Kỳ rời khỏi Argentina.

Trong những năm gần 80 tuổi, ông phát hiện thấy bao quanh mình là các phụ tá kiểm duyệt tiếp cận tin tức của ông, giấu ông về tác động thực tế của Đại khủng hoảng bắt đầu vào cuối năm 1929. Ngày 24 tháng 12, ông sống sót sau một nỗ lực ám sát.

Các phái phát xít và bảo thủ trong quân đội mưu tính công khai về một sự thay đổi chế độ, cùng chí hướng với họ là hãng Standard Oil of New Jersey do phản đối các nỗ lực của tổng thống nhằm kiềm chế buôn lậu dầu từ tỉnh Salta sang Bolivia, cũng như sự hiện diện của bản thân YPF.[5] Ngày 6 tháng 9 năm 1930, Yrigoyen bị phế truất trong một cuộc đảo chính quân sự do Tướng quân José Félix Uriburu lãnh đạo. Đây là cuộc đảo chính quân sự đầu tiên kể từ khi thông qua Hiến pháp Argentina.